Il progetto è articolato in due fasi.
La I Fase di progetto, conclusa nel mese di maggio del 2005, è susseguita al Progetto di restauro conservativo e valorizzazione del Parco della Villa Gregoriana - Comune di Tivoli, redatto nel luglio 2004 dalla Prof. Arch. Tatiana K. Kirova, in collaborazione con specialisti delle diverse discipline, e ha stabilito le linee guida di valorizzazione paesaggistica degli ingressi e definiva quanto era oggetto del primo stralcio di intervento, realizzato nella primavera del 2005.
La II Fase del progetto, ha preso avvio dalla ricostruzione storica delle vicende che hanno portato la Villa all’attuale configurazione, da un’accurata analisi delle fonti storico-archivistiche, e dallo studio dello stato della vegetazione. Sono stati individuati i seguenti interventi:
1 – Valorizzazione delle visuali panoramiche
2 – Accentuazione degli assi principali di percorrenza
3 – Consolidamento dei versanti
4 – Ricostituzione e valorizzazione del sottobosco
5 – Sistemazione paesaggistica delle sponde del Pelago.
Il progetto, durante sia la I Fase che la II Fase, è stato presentato e discusso con un Comitato Scientifico, appositamente costituito dal FAI, formato da specialisti appartenenti sia alle Soprintendenze Archeologiche sia per i Beni Architettonici e per il Paesaggio sia alle Università.